Der Tipp ist zwar von Re: Konsole oeffnen aus Nautilus und Re: Nautilus ignores can_change_accels, aber ich vergesse immer wie es funktioniert;-)

nautilus-open-terminal installieren
sudo apt-get install nautilus-open-terminal

Nautilus beenden
nautilus -q

can_change_accels auf true setzen
gconftool-2 --type bool --set /desktop/gnome/interface/can_change_accels true

oder für dconf
gsettings set org.gnome.desktop.interface can-change-accels true

Nautilus unter Unity starten, mag kein globales Menu
UBUNTU_MENUPROXY=0 nautilus

1) Nautilusmenü öffnen

2) Maus auf den Unterpunkt zu dem man eine Abkürzung erstellen, oder ändern möchte

3) Die gewünschte Abkürzungstastenkombination drücken.

4) fertig. Ab sofort ist die jeweilige Tastenkommbination die gültige Abkürzung.

Um versehentliches Ändern der Shortcuts zu verhindern, muss die Einstellung can-change-accels zurückgesetzt werden.
gsettings reset org.gnome.desktop.interface can-change-accels

oder
gconftool-2 --type bool --set /desktop/gnome/interface/can_change_accels false

Nachteil an Unity: Nautilus muss immer ohne das globale Menu aufgerufen werden. Am besten einen eigenen Starter anlegen